「2つ以上のファイルを開き、一方を閉じるとレイアウターの動作が一時的におかしくなる件」
(2007/11/16 03:10:実験結果により発生条件変更)
「他のファイルからのデータをコピー&ペーストし、コピー元のファイルを閉じるとレイアウターの動作が一時的におかしくなる件」
(2007/11/15 20:30:45-50sさんの御指摘により赤字部分追記)
CVを繋げてレイアウトを作ろうとすると必ず2つ以上のファイルを開き、コピー&ペーストで1つにまとめようとする訳ですが、その作業をすると必ずと言って良いほどレイアウターの動作が一時的におかしくなります。
症状としては「画面移動」や「ズーム」といったコマンドは動作するのですが、「保存」や「運転」のコマンドを全く受け付けてくれないというものです。この症状は暫く時間が経つと直るのですが、今までもこの待ち時間が鬱陶しく感じていました。いつもおかしくなると色々コマンドを実行して早く「保存」や「運転」が出来るようにならないかなぁとガチャガチャと弄っていたのですが、今回確実にこの状態から脱出する方法が見つかりまして、今のところ100%成功しています。
脱出方法は簡単で、通常は配置ツールで作業していますから、一旦地形ツール等に移行するだけです。そうすると「保存」や「運転」のコマンドを受け付けてくれるようになります。

多分モードが切り替わる時にバッファか何かがリフレッシュされることによって動作するようになるのでしょう。この症状が一般的に現れる症状なのかどうかはわかりませんが、とりあえず同様の症状が発生してお困りの方はお試しください。
(2007/11/16 03:30追記:「メーカー責任のバグでなぜかユーザーのblogが炎上する、これがネットVRM界隈クオリティ」再び(笑))