
で、やってみた感想ですが、1枚テクスチャーよりもバラバラのテクスチャーの方が圧倒的に楽です。
例えば屋根瓦を再現するとしましょう。256×256の1枚テクスチャーでは描ける瓦の数は僅かです(他の部分のテクスチャーもあるので)。そうすると屋根のポリゴンを幾つも分割して増やしそのポリゴン1つ1つにテクスチャーの一部を割り当てていかねばなりません。これは重労働です。

しかし、複数枚のテクスチャーが使えれば描く屋根瓦は小さな1枚だけ。しかも屋根のポリゴンも最小限にしても、UVの繰り返しを使って大量の瓦が一瞬で再現できます。

テクスチャーも小さく、ポリゴン数も少なくて済む。大きさの制限は小さくてもよいのでバラバラな複数枚のテクスチャーを採用しない手はないはずです。VRMのコンテナでは複数枚テクスチャーが使えませんでしたが自作ストラクチャー機能では使えるようになることを望みます。
もし1枚テクスチャーにするなら最低でも512×512は欲しいですよ。いや1枚ものは止めて欲しいですけどね(^_^;)