
現状自作コンテナは256×256のテクスチャーまでしか対応していないので簡単なモデルしか使えない技ですが、ベイクという方法があります。ベイクとは焼き付けということで、色々なマテリアルが設定されたモデルを1枚のテクスチャーにまとめる方法です。アドオンTexToolsを使いますのでインストールしておいてください。
この程度の簡単なモデルでやります。BuildingToolsでモデルを作り、同MaterialToolsで色分けしたものです。

PolyHeavenで各部位にマテリアルを割付します。

UVは現状こういう形状ですので展開をライトマップパックにします。

実行するとこうなります。

256×256の新規画像を作成します。

現状のテクスチャーの設定が変化したのでシェーディングで修正します。

アドオンTexToolsで、サイズを256、テクスチャーをBaseColorにしてBAKEします。

そうするとこのように割り振られたテクスチャーが出来ます。

PolyHeavenのマテリアルを全部消して初期のMaterialにします。

シェーディングで先程のテクスチャーを選択します。

UV編集でテクスチャーを保存しておきましょう。

objを経てVRMに持ってくるとこのようになります。
自作ストラクチャー機能が1024×1024ぐらいのテクスチャに対応してくれれば結構使えるようになる方法かもしれませんね。